1898年9月返绍兴，任绍郡中西学堂监督，提倡新学。

1900年（庚子二十六年），蔡元培33岁，由于他的妻子受封建思想约束，他们之间的感情一直处在不和状态，而当他逐渐接受了西方新思想后，便开始重新思考女权的定义，于是写出了《夫妻公约》，重新调整与妻子王昭的关系。

1901年夏（辛丑二十七年），蔡元培34岁时，到上海代理澄衷学堂（现上海市澄衷高级中学）校长，即为首任校长。

1901年9月，被聘为南洋公学经济特科班总教习。

1902年1月1日（壬寅二十八年），蔡元培在杭州与他往日的学生黄仲玉女士举办了他一生中的第二次婚礼。

1902年，蔡元培35岁时，同蒋智由等在上海创办中国教育会并任会长，创立爱国学社、爱国女学，均曾被推为总理。

1903年（癸卯二十九年），爱国学社的活动引起清政府的警觉，下令侦讯。蔡元培辗转青岛、日本、绍兴、上海等地，一方面学习德语，准备赴德留学以躲避风头，一方面仍从事教育和革命活动。

1903年，蔡元培为抗拒俄国政府觊觎中国北方领土，与上海反清革命志士以对俄同志会的名义办了《俄事警闻》（后改《警钟日报》）。

1904年（甲辰三十年）37岁时，他在上海组织建立了光复会。

1905年（乙巳三十一年），38岁时，同盟会成立，光复会并入，孙中山委任蔡元培为同盟会上海分会负责人。

1907年5月（丁未三十三年），40岁时，他在驻德公使孙宝琦的帮助下前往德国柏林，入莱比锡大学听课和研究心理学、美学、哲学诸学科。一面学习，一面教授唐绍仪（后任民国政府第一任内阁总理）4个侄子的中文，已近不惑之年的蔡元培开始了4年海外留学的生活。在德4年，他编著了《中国伦理学史》等一批学术书籍。

1911年11月上旬，宣统三年辛亥年，辛亥革命爆发，在陈其美去电催促下，蔡元培取道西伯利亚回国。

1912年1月4日，民国元年，中华民国临时政府在南京成立，他就任南京临时政府教育总长。教育部在蔡元培之下对公众征求可能的国歌，后来颁布了中华民国临时国歌，由沈恩孚作词、沈彭年谱曲的国歌拟稿，歌名《五旗共和歌》（中华民国国歌）。

1912年1月19日，民国元年，他颁布了《普通教育暂行办法》，并主持制定了《大学令》和《中学令》，这是中国的第一个大学和中学校令，他强调要把中学和大学建造成健全国民的学校。任南京临时政府教育总长，主张采用西方教育制度，废止祀孔读经，实行男女同校等改革措施，确立起中国资产阶级民主教育体制。二次革命失败后，携眷赴法，与李石曾等创办留法勤工俭学会。

1912年2月，鲁迅被他邀请到教育部任职。

1912年7月，蔡元培因不愿与袁世凯政府合作而辞职。

1913年（民国二年），蔡元培46岁时，再次赴法国从事学术研究，在留欧的三年时间里，又编撰了不少哲学美学著作。

1915年6月（民国四年），蔡元培48岁时，他与李石曾、吴玉章等发起组织华法教育会，在法国倡勤勤工俭学，希望以此组织帮助更多华人到欧洲求学，后来的周恩来、邓小平等均是通过这个组织的帮助后顺利在法国进行学习的。

1916年夏，黎元洪的北京政府终于明令恢复了民国初年的《临时约法》，孙中山、黄兴等一大批流亡海外的革命党人纷纷相约回国，一些浙江籍议员还发电给远在法国的蔡元培，说是要推选他当浙江省督军。

1916年11月8日，蔡元培与吴玉章一起乘船由马赛回国，抵达上海。

1916年12月26日，受命担任北京大学校长。支持新文化运动，提倡学术研究，主张“思想自由，兼容并包”，实行教授治校。“五四”运动中支持学生爱国行动，多方营救被捕学生。

1917年1月9日，蔡元培发表就任北京大学校长的演说，对学生提出三点要求：一曰抱定宗旨，二曰砥砺德行，三曰敬爱师长，将“抱定宗旨”置于首位。

1917年，蔡元培聘请《新青年》主编陈独秀为文科学长，并聘请李大钊、胡适、钱玄同等“新派”人物在北大任教，采用“思想自由，兼容并包”的办学方针，实行“教授治校”的制度，提倡学术民主，支持新文化运动。同年，蔡元培邀请著名哲学家梁漱溟到北京大学讲授印度哲学；徐悲鸿应蔡元培之邀从日本东京返北京，任北京大学画法研究会导师。

1917年7月，胡适从美国学成回国，其时胡适并未获得哥伦比亚大学博士学位，但蔡元培为了让胡适进入北大不惜帮其伪造学历。

1917年7月3日，蔡元培在北大发表热情洋溢的就职演说的余热未散，就向黎元洪总统提出辞职了，措辞委婉，但动因沉郁，那就是抗议张勋复辟。

1917年10月（民国六年），蔡元培50岁时，主持教育部召开北京各高等学校代表会议，讨论修改大学规程，北京大学文科提出废年级制，采用选科制的议案，会议议决通过，决定在北大试行。北大选科制规定每周一课时，学完一年为一个单位，本科应修满80个单位，一半必修，一半选修（理科酌量减少），修满即可毕业，不拘年限；预科应修满40个单位，必修占四分之三，选修占四分之一。选修科目可以跨系。

1918年，他更明确地指出：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。”

1918年5月22日，蔡元培为“中日防敌军事协定”反对政府变相卖国，又向大总统提出辞呈。

1918年11月16日，民国七年蔡元培51岁时，“一战”刚结束，在天安门前组织集会庆祝，发表题为《劳工神圣》的演讲，鲜明提出要“认识劳工的价值”，并喊出了“劳工神圣”的口号。

1919年，蔡元培在北京大学废除科，改原隶属于科的学门为系，设立14个系，废学长，设系主任。原来的文、理、法三科分别改称第一、二、三院，仅作为各系所在地区的标志（因原来三科分布在不同地区），不代表一级机构。

1919年5月8日，五四运动爆发后，蔡元培为抗议政府逮捕学生，于5月8日提交了辞呈。并于9日离京。

1919年5月13日，北京各大专学校校长向政府齐上辞呈，支持蔡元培。

1919年6月15日，在他发布的《不愿再任北京大学校长的宣言》中说：“我绝对不能再作不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。”后由于北大师生极力挽留，蔡元培答应只做北大师生的校长。

1920年初，蔡元培与李石曾、吴敬恒，利用庚子赔款，创办中法大学于北京。蔡元培任校长。

1920年2月，蔡元培下令允许王兰、奚浈、查晓园3位女生入北大文科旁听，当年秋季起即正式招收女生，开中国公立大学招收女生之先例。

1920年5月，蔡元培聘任地质学家李四光出任北京大学地质系教授，邀著名作家莎菲回国任北京大学文学教授，8月，聘鲁迅为北京大学讲师。

1920年年底，被北京大学派遣去欧洲考察。与法国里昂市长赫礼欧（Herriot），里昂大学医学院院长雷宾（Lepine）等，合作设立里昂中法大学协会，决定在里昂成立中法大学。

1923年春，不满北洋政府教育总长彭允彝破坏法制的行为，提出辞职，离京南下。秋间转赴欧洲，从事研究和著述，并参与要求英、法等国退还庚子赔款兴办教育事项。

1924年1月在国民党第一次全国代表大会上，经孙中山提名，当选为候补中央监察委员。

1926年初回国。在上海参加苏浙皖三省联合会，配合北伐战争，策划三省自治运动，遭孙传芳通缉。

1927年起，在南京国民政府任大学院院长、司法部长和监察院长等职。

1927年3月28日，蔡元培任国民党中央监察委员会会议主席，对吴稚晖提出的弹劾共产党表示附议，主张“取消共产党人在国民党之党籍”。4月2日，蔡元培再次担任主席，蔡元培再次附和吴稚晖关于弹劾共产党的文告，并拿出了《共产党祸党证据及共产党在浙祸党之报告》。国民党南京政府成立后最初两年内，蔡元培在政治上仍然站在蒋介石一边，支持“清共”。。

但与其他人不同的是，在清党的实施过程中，他不支持滥杀，而是希望将这种政治上的弹压行动纳入比较规范的法治范围，即同意清党但反对杀人。在清党的初期，蔡元培就曾对浙江清党委员会的草菅人命提出了严厉的批评，并要求在清党中必须执行三条原则，而且出面营救过可能遭国民党逮捕的共产党人和革命青年。为劝阻南京国民党当局滥杀行为，蔡元培曾专门撰文劝告国民党当局继承孙中山的高尚人格，以德服人，停止滥杀。

之后一段时期，蔡元培把精力主要放在组建中央研究院上，他出任中央研究院院长，开始专注国家民族的文化教育和科技事业，并相继辞去了其他职务。“九·一八”事变后主张抗日，拥护国共合作。

1932年，与宋庆龄、鲁迅等发起组织中国民权保障同盟，积极开展抗日爱国运动。曾电救杨开慧烈士，援救许德珩等爱国民主人士，营救丁玲、朱宜权等共产党员。

1933年，蔡元培倡议创建国立中央博物院（今南京博物院前身），并亲自兼任第一届理事会理事长。

1933年6月，为进一步加深中国与其他国联成员国间在文化、教育上的合作关系，蔡元培与张静江等人联合国联，筹备成立了世界文化合作中国协会。

抗战爆发初期，蔡元培与上海文化界知名人士联合组织成立了上海文化界救亡协会，积极组织发动文化界人士及民众投入抗日救亡运动。此外，蔡元培还与上海文化界救亡协会的创始成员联合全国各大高校校长、教授联合发表长篇声明，揭露日军蓄意毁灭中国教育机关的罪恶暴行，并组织救亡协会下设的国际宣传委员会扩大对外宣传，争取世界各国人民的支持。

1940年3月5日，蔡元培在香港病逝。他逝世后，国内各主要党派和团体以及要人名流纷纷致电吊唁。

他的教育模式新颖，不拘一格，认为教育是国家兴旺之根本，是国家富强之根基。教育思想灵活，兼容并包，不因学术争议而排斥，广泛吸收各家所长。“教育者，养成人格之事业也。”他主张教育应注重学生，反对呆板僵化。他还提倡美育、健康教育、人格教育等新的教育观念。

蔡元培认为：教育之于社会，有二大基本功能：一在引领，所谓“教育指导社会，而非随逐社会也”；二在服务，“就是学校里养成一种人才，将来进社会做事”，或者“就是学生或教育一方面讲学问，一方面效力社会”。

蔡元培为人宽厚、恻隐为怀，对中国社会及陋俗有透彻观察;两度游学欧洲、亲炙文艺复兴后的科学精神及法国大革命后的思潮。他提倡民权与女权，倡导自由思想，致力革除“读书为官”的旧俗，开科学研究风气，重视公民道德教育及附带的世界观、人生观、美学教育。

梁漱溟曾说，蔡元培从思想学术上为国人开导出一股新潮流，冲破了旧有习俗，推动了大局政治，这是十分正确的。正是因为蔡先生的兼容并包、思想自由，使得新文化有了立脚之地，使得北大成为新文化运动的堡垒，科学民主的思想得以传播。因此从这个意义上讲，蔡元培不仅是现代北大的缔造者，也是中国现代大学理念和精神的缔造者。

蔡元培作为近代中国文化界的卓越先驱者，其著名的文化思想和学术观点，曾对中国的历史进程发生过重要的影响。蔡元培任北京大学校长时提出的“兼容并包”的学术思想，不仅成为他主持北大教育工作的重要指导思想，同时也是他所坚持的办学原则。此思想提出后，一批具有新文化、新思想的代表人物进入北大，北大因此而成为中国思想活跃、学术兴盛的最高学府。因此，“兼容并包”思想在接纳新文化、反对封建文化方面起到了积极作用。

蔡元培先生在教育和美学方面的贡献有目共睹，但在民族学方面的贡献却鲜为人知。蔡元培在自写年谱中称，自己的梦想之一就是写一本《比较民族学》，“以研究民族学终老”。

蔡元培赴京殿试时，在有关西藏的策论题中，他详述西藏“地域广袤，山川道里”。

1901年蔡元培在《学堂教科论》中说：”以前的历史只记帝王之事，不记民生风俗，以致于一群强弱盛衰之数，终不可稽。“

1908年至1911年在德国莱比锡大学学习哲学、文学、文明史和民族学。

1924年8月出席国际民族学会第21次大会。1924年11月至1926年2月在德国汉堡大学专修民族学。

1926年至1934年蔡元培先后发表了《说民族学》、《民族学与社会学》、《民族学上之进化观》等文章。

1927年中央研究院成立之时，蔡元培希望成立一个民族学研究所，但因人力物力有限，这个希望未能实现。

1928年社会科学研究所成立，蔡元培在研究所中增设民族学组，亲任组长兼研究员。在民族学组里开展了下列研究。

“教育独立”作为一种思潮，萌发于“五四”之前，发展兴盛于20世纪20年代。由于军阀混战，经济凋敝，北洋政府又不重视教育，国家预算中教育经费比例极低，如1920年前后国家预算中教育经费仅占1.2%左右。仅此有限的预算内经费还常被侵占挪用，也不能如数到位，导致教育经费奇绌，教育事业陷于难以为继的程度。

蔡元培一贯视教育为救国的基本途径，推崇思想、学术自由，加之身为北京大学校长，对政府官僚掣肘、摧残教育有深切的感受，因此是教育独立的积极倡导和支持者，并从理论上加以引导。1922年3月，他在《新教育》上发表了《教育独立议》一文，阐明教育独立的基本观点和方法，成为教育独立思潮中的重要篇章。

他认为政党与教育的对立表现为：

①教育要平衡发展人的个性和群性，政党则不然，它要造成一种特殊的群性，为本党服务，抹杀受教育者的个性。

②教育是求远效的，着眼于未来，其效果不可能在短期内表现出来，所以讲“百年树人”。而政党是求近功的，往往只考虑眼前的利益。

③在政党政治背景下，政权在各党派之间更迭，由政党掌管教育，必然会影响教育方针政策的稳定，影响教育的成效。所以他认为教育要超脱各派政党之外。

为实现教育的真正独立，蔡元培设计了教育经费独立、教育行政独立、教育独立于宗教的具体措施，其中关于教育行政独立的方案是：分全国为若干个大学区，每区设立大学一所，区内的高等专门教育，中、小学教育，社会教育，文化学术事宜均由该大学校组织办理。大学的事务，由大学教授组成的教育委员会主持，校长由教育委员会选举产生。各大学区大学的校长组成高等教育会议，处理各大学区间的事务。教育部只负责处理经高等教育会议议决而与中央政府发生关系的事务，及教育统计报告等，不干涉各大学区事务，教育总长必经高等教育会议认可。这一设想成为南京国民政府初期实施“大学区制”的框架基础。

蔡元培认为大学应当成为研究高深学问的学府，这是蔡元培办学的指导思想，也是他大学教育思想的出发点。早在1912年5月16日，他以教育总长身份出席北京大学开学典礼，在演说中就提出“大学为研究高尚学问之地。”在担任北京大学校长后。他更是反复申述这一思想。1917年1月9日，他在就任校长的演说中，明确的向学生说明：“诸君来此求学，必有一宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。今人肆业专门学校，学成任事，此固势所必然。而在大学则不然，大学者，研究高深学问者也”。

他还提出，大学不能只是从事教学，还必须开展科学研究。他要求大学教员不是灌输固定知识，而是对学问有浓厚的研究兴趣，并能引起学生的研究兴趣；大学生也不是死记硬背教员的讲义，而是在教员的指导下自动的研究学问。为了使大学能承担起教学，科研双重任务，他极力主张“凡大学必有各种科学的研究所”。他在《论大学应设各科研究所之理由》的文章，详列了三点理由：

一是“大学无研究院，则教员易陷入抄发讲义不求进步之陋习。”

二是设立研究所，为大学毕业生深造创造条件。

三是使大学高年级学生得以在导师指导下，有从事科学研究的机会。

蔡元培是第一位提出“军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育皆近日之教育所不可偏废”的教育思想家，主张五育并举，这是蔡元培教育思想的一个显著特点。

辛亥革命胜利不久，南京临时政府刚刚成立时提出来的。要使资产阶级对封建教育的改革能够深入、健康地开展，迫切需要在统一的教育思想指导下，尽快地确定一个反映资产阶级要求的教育宗旨，来规定资产阶级对于人才培养的目标和要求，只是在这样的形势下，1912年2月间蔡元培发表了著名的教育论文《对于新教育之意见》比较系统地提出了五育并举的思想。

（一）从国外环境看来，中国处于“邻强交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。”

（二）就国内情况而言，要打破军人成为“全国中特别之阶级”的局面，就“非行举国皆兵之制，否则无以平均其势力”。

实利主义教育被蔡元培认为是富国的手段，他认为世界的竞争不仅仅是在武力，尤其是在财力。因此加强科学技术教育，提高生产力，发展国民经济，国家 富强才能够在世界竞争中生存下来。

他把西方近代资产阶级“自由、平等、博爱”的道德观念，分别比做中国古代儒家所提倡的“义、恕、仁”。他主张广泛吸收国外文化，同时“必择其可以消化者而吸收之”，并且“必须以“我”食而化之，而毋为彼此所同化”，他批评有些志行薄弱者，一到国外留学，“即弃捐其“我”而同化于外人”。

世界观教育是建立在把世界划分为现象世界和实体世界这个唯心主义世界观的基础下，要求人们遵循思想自由，言论自由的原则，不要被束缚于某一学说的思想，在当时具有打破几千年思想专制统治的解放作用。

美育教育是进行世界观教育最重要的途径，使人们从现象世界通向实体世界所必经的桥梁。美育教育的重要性源于其特点，人从现象世界通向实体世界存在的障碍不外两种意识，一是人我之差别、二是幸福之营求。

蔡元培数度赴德国和法国留学、考察，研究哲学、文学、美学、心理学和文化史，为他致力于改革封建教育奠定了思想理论基础。

北京大学改革宗旨：改变学生的观念，整顿教师队伍，延聘积学热心的教员，发展研究所，广积图书，引导师生研究兴趣，砥砺德行，培养正当兴趣。蔡元培大学教育思想的基本特征是民主和科学，目的是要把大学办成高水平的教学科研中心。

“思想自由，兼容并包”也体现在教师的聘任上，蔡元培以“学诣为主”，罗致各类学术人才，使北大教师队伍一时出现流派纷呈的局面。如在文科教师队伍中，既集中了许多新文化运动的著名代表人物，也有政治上保守而旧学深沉的学者。在政治倾向上，有的激进，有的保守，有的主张改良。在新派人物中，有马克思主义、三民主义、无政府主义、国家主义的不同代表。当时的北大，《新潮》与《国故》对垒，白话与文言相争，百家争鸣，盛极一时。

1912年由蔡元培主持制定的《大学令》中，即已确立了教授治校、民主管理的大学校务管理原则，规定大学设立评议会，各科设立教授会，但在北大没有得到很好施行。蔡元培初到北大时，仍然“是一切校务，都由校长与学监主任庶务主任少数人办理，并学长也没有与闻的”。蔡元培任校长后，当年即组织了评议会，从全校每5名教授中选举评议员1人，校长为当然的评议长。评议会为全校最高的立法机构和权力机构，凡学校重大事务都必须经过评议会审核通过，如制定和审核学校各种章程、条令，决定学科的废立，审核教师学衔，提出学校经费的预决算等。接着组织各门教授会，由各门的教授公举教授会主任，任期两年，其职责是：分管各学门的教务，规划本学门的教学工作。

管理体制的改革，体现了蔡元培教授治校、民主管理的思想，目的是把推动学校发展的责任交给教授，让真正懂得学术的人来管理学校。新的管理体制的建立，改变了京师大学堂遗留下来的封建衙门作风，提高了工作效率，从而促进了学校的蓬勃发展。

蔡元培担任北大校长后，又进一步主张“学术分校”理由有两条：第一、文理两科，专署学里，其他各科偏重于致用；第二、文理两科，设有研究所，实验室等设备，如若遍设其他各科，就要增设病院，工场等，困难更大。

主张学术分校，大学专设文理两科，显然是对民国元年“大学以文理两科为主”见解的发展，目的是为了突出大学的性质在于研究学理，在蔡元培看来，“学”与“术”可分为两个名词，“学”为“学理”，“术”为“应用”。文、理是“学”，法、商、医、工、农皆为应用，为“术”。学与术虽然关系密切，但学为基本，术为枝干。

蔡元培在看到了文、理分科所造成的流弊之后，进一步主张“沟通文理”。他说文理是不能分科的，文科的史学、文学均与科学有关，而哲学全以自然科学为基础。同样，理科各学科都与哲学有关，自然哲学，尤为自然科学的归纳。而且，由于学科之间的彼此交错，有些学科简直无法以文、理科来区分。因此，他主张沟通文理，和为一科。1919年，北大进行改革，撤销文、理、法三科界限。全校设立14个系，废学长，设系主任。

蔡元培重视劳动教育、平民教育和女子教育。他在北京大学办校役班和平民夜校，在上海创办爱国女校。

1928年，他创办国立艺术院，后来发展成为中国美术学院，这是近代中国第一所实施本科等的最高美术教育机构，亦是联合国教科文组织唯一承认学历的中国美术类大学，以弘扬民族文化，融合中西艺术，创造时代艺术为办学宗旨。

蔡元培对近代与现代中国教育、中国革命作出了不可磨灭的贡献，主要是：

一、自蔡元培始，中国才形成了较完整的资产阶级教育思想体系和教育制度。

二、他的“思想自由，兼容并包”的主张，使北大成为新文化运动的发祥地，为新民主主义革命的发生创造了条件。

三、为中华民族保护了一批思想先进、才华出众的学者。

他不仅为中国近现代资产阶级大学教育理论的形成打下了坚实的基础，而且其中许多真知灼见，如重视大学开展科学研究工作，提倡“思想自由，兼容并包”，注重发展学生个性，主张“沟通文理”，以及“依靠既懂得教育，又有学问的专家实行民主治校”等等也对后世产生了重大影响。

表格内容来源：

蔡元培自幼刻苦好学，博览群书，早年先后中秀才，后又相继中举人、进士，文章和书法都受到过极其规范的训练和约束。有专家认为，他的书法一扫清代科举制下书坛的清规戒律，而以线条粗细自然变化，用笔提按顿挫徐疾有致来体现书法的节奏感。擅长楷书和行书，市场上见到的绝大多数为行书，书作上字结体往往左低右高，呈斜势，自出机杼、独具个性。

随着时间对蔡元培历史地位和书法价值认识的提高，蔡元培的书作在海内外市场上还有很大的上升空间，因为蔡元培是20世纪初新文化运动的导师，现代中国文化名人一面旗帜，他的书作除了艺术价值外，还有很高的历史和文献、文物价值。

蔡元培一生经历了3次婚姻，这3次婚姻印证了蔡元培一生思想的变革，也印证了中国近代史的变迁。

1889年，蔡元培迎娶了他的第一位夫人王昭。蔡元培的第一次婚姻，是完全是奉父母之命、媒妁之言的旧式婚姻，蔡元培在婚礼之前甚至从来没有和王昭见过面。王昭有洁癖，而且花钱极节省，但蔡元培却生性豪放、不拘小节，他更有大男子主义，常常要求王昭在所有事情上对他无条件服从，两人婚后经常发生口角。

1900年，接受了西方新思想的蔡元培开始重新思考女权的定义，他写出了《夫妻公约》，重新调整与妻子王昭的关系，这对结婚十多年的夫妻逐步互相理解、修复感情的裂痕。可惜好景不长，就在这一年王昭因病离开了人世。

王昭去世的时候蔡元培刚满33岁，在江浙一带的知识界已经颇有名气了，来他家里提亲的人踏破了门槛。蔡元培面对纷至沓来的媒人，提出了五个条件：第一是不缠足的女性；第二是识字的；第三是男子不得娶妾、不能娶姨太太；第四，如果丈夫先死那么妻子可以改嫁；第五，意见不合可以离婚。消息传开来，媒人们顿时一个个退避三舍。

也许是姻缘天定，蔡元培在杭州办学的时候，有一天在朋友家看到一幅工笔画，线条秀丽、题字极有功底。他一打听，作者是江西名士黄尔轩的女儿黄世振，又名仲玉。黄仲玉出身书香门第，不但没有缠足，而且识字又精通书画、孝敬父母，完全符合蔡元培的择偶标准，于是他请朋友从中撮合。

1902年元旦，蔡元培在杭州举办了他一生中的第二次婚礼。这次婚礼中西合璧。蔡元培用红幛缀成“孔子”二字，代替悬挂三星画轴的传统，以开演说会的形式代替闹洞房。

1907年，已近不惑之年的蔡元培开始了4年海外留学的生活。在德国4年，他编著了《中国伦理学史》，蔡元培由最初的大男子主义思想，转变成为寻求妇女平等权利的斗士，他的第二位夫人黄仲玉可谓对此作用不小。

1920年年底，蔡元培由北京大学派遣去欧洲考察。在这期间，黄仲玉去世了。

在蔡元培54岁时，时任北大校长的他决定续娶。这时周峻走进了他的生活。周峻是蔡元培先生原来在上海成立的爱国女校的一位学生，这位学生对蔡元培先生一直抱有一种敬佩与热爱的情感，她一直到33岁还没有结婚。蔡元培和周峻两人年龄相差22岁。

1923年7月10日，蔡元培和周峻在苏州留园举行了隆重的婚礼。 婚后第十天，蔡元培和周峻携子女赴欧洲学习。周峻在相夫教子之余攻读西洋美术课程，她把对蔡元培的爱倾注在她的作品——《蔡元培半身像》中。而蔡元培则在上面题诗一首“唯卿第一能知我，留取心痕永不磨”。

蔡元培是一位素食主义者。关于他为何素食，在其《自写年谱》中说得很明确：“我那时候也是素食，这是民元前二年莱比锡受李君（李石曾）感化的。”1909年，与蔡元培一起在德国莱比锡大学留学的齐寿山，应李石曾邀请赴法一游。齐寿山回来后告诉蔡元培说，李石曾素食，并说动物死亡时全身僵直，体内会产生毒素，经常食用会使人中毒。蔡元培听后觉得有理，也回想起在托尔斯泰的作品中“一只精心饲养的粉红色的猪被屠杀”的惨状描写，深受触动，于是萌发素食的念头。

蔡元培在《自写年谱》中写道：“适莱比锡有素食馆数处，往试食，并得到几本提倡素食之书，其所言有三益:一、卫生，如李君所言；二、戒杀，不肉食则屠杀渔猎等业皆取消，能因不忍心杀动物之心，而增进不忍心杀人之心，战争可免；三、节省，一方牧场，能以所畜牛羊等供一人一岁之食者，若改艺蔬谷，可供给十人之上。”他把这“素食三义”——卫生、戒杀、节用，专门函告其国内朋友寿孝天，并说自己的素食主要偏重于“戒杀”这条，因为人都有好生恶死之心；至于“卫生”，最重要的是要忌烟酒，而自己做不到；至于“节用”，在外国饭庄，肉食者有长票可购，改为素食而特饪，未见便宜。

浙江绍兴城区笔飞弄有蔡元培故居，今建为纪念馆，列为浙江省重点文物保护单位。并新建“元培小学”、“元培中学”以示纪念。北京大学校园内有蔡元培纪念碑。

北京大学校园内的蔡元培雕像，是1977、1978级毕业生在毕业前夕集资铸建的。铜像基座上有许德珩亲笔书写的“蔡元培先生”五个镀金字。

1982年10月5日，蔡元培铜像的落成仪式在未名湖畔举行。当时的党和国家领导人乌兰夫、胡乔木、邓力群、许德珩、胡愈之、周培源等参加了当天的落成典礼。

1988年1月11日，我国发行了《J145 蔡元培诞生一百二十周年》。

2024年3月4日起，讲述蔡元培的大型人物传记纪录片《百年巨匠・教育体育篇》在中国教育电视台一频道（CETV-1）播出。

他为发展中国新文化教育事业，建立中国资产阶级民主制度做出了重大贡献，堪称“学界泰斗、人世楷模”。他试图通过贫儿院的试验和推广，逐步以学前儿童公共教育替代当时的家庭教育，最终实现学前儿童公育的理想。

他是中国近现代美育的倡导者，主张从家庭教育、学校教育、社会教育三方面实施美育，设想通过胎教院、育婴院、幼稚园三级机构实施学前儿童美育：把胎教作为美育的起点；让婴儿及其母亲生活在由自然美和艺术美构成的环境之中；认为幼稚园的美育一方面通过舞蹈、唱歌、手工等“美育的专题”进行，另一方面则要充分利用其他课内涵的美育因素，其72年的人生历程，一路经历风雨，始终信守爱国和民主的政治理念，致力于废除封建主义的教育制度，奠定了中国新式教育制度的基础，为中国教育、文化、科学事业的发展作出了富有开创性的贡献。

蒋介石在日记中评价他：“惟其在教育上与本党主义之功罪而言，以吾所见者，但有罪过而已，尤其是教育受其乡愿式之影响为更恶劣也。”

学者黄炎培：“有所不为，吾师之律己，无所不容，吾师之教人。欲人知求真一本自由，记从长绍兴中学，以至长北京大学，弗逾初旨。晚而主持科学研究。广纳众流，一贯斯道，从德量浑涵中，确标趋向，嗟余小子，心传窃奉终身。”

刘晓钢先生在实用文源流的研究中说：“到蔡元培的《论国文之趋势》、《国文之将来》，便正式把文章分为实用文和美术文（即艺术文）两大类，开始创立独立的实用文理论了。”

中共中央在唁电中誉其为“老成硕望”、“勋劳卓著”；国民政府发布褒扬令，赞其为“高年硕学”、“万流景仰”。

毛泽东在唁电中誉其“学界泰斗，人世楷模”。他是中国著名的教育家，提出了“学为学理，术为应用”，“学为基本，术为枝叶”的观点。

周恩来写挽联云：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由”。以生动形象的语言高度概括了蔡元培一生光辉伟大的功绩。

2011年电影《建党伟业》：王学圻饰演蔡元培；

2011年电影《辛亥革命》：高斌饰演蔡元培；

2012年电视剧《我们的法兰西岁月》：田小洁饰演蔡元培；

2014年音乐剧《元培校长》：汤子星饰演蔡元培；

2021年电视剧《觉醒年代》：马少骅饰演蔡元培；

2021年电视剧《中流击水》：刘之冰饰演蔡元培。